Se dressant sur une éminence en retrait de la zone inondable, il s'agit de la première paroisse de Saumur, mentionnée au IXème siècle. Son origine se perd dans la nuit des temps, au Vème siècle selon une tradition populaire. Elle fut de ce fait, tout autant que de par sa vocation de sanctuaire de la mater, de la Vierge Mère représentée par une Vierge noire couronnée, qu'elle fut connue sous l'appellation «d'église matrice », laquelle lui est restée attachée. Et de fait on peut y déceler les éléments d'un symbolisme matriciel et tellurique (la « terre-mère ») avec le tertre, le puits et la crypte souterraine (chapelle où la messe était encore dite au XVIIème siècle, et qui fut utilisée ensuite comme ossuaire, et peut-être aussi comme refuge) qui ouvre sur des espaces enterrés, toutes choses que l'on retrouve aussi bien associés à la Vierge noire de Chartres, les deux statues ayant été réputées pré-chrétiennes. Peut-être faut-il y voir également l'héritage d'une divinité de la vie et de la mort, si l'on considère que la nef abritait deux autels respectivement consacrés à Notre-Dame-des-Vifs et à Notre-Dame-des-Morts, placées sous le patronage de la Confrérie de la Mioust.
La statue, que Grandet dit avoir été « d'un bois comme d'ébène très noir », aurait été découverte au XIIème siècle ou bien selon certains au VIIIème siècle, dans un champ de lentilles, ce qui justifierait son nom (et l'on retrouve là un lien avec la végétation, la fertilité, la mère nourricière). Emile Saillens (Nos Vierges noires) suggère que ce pourrait être là une antique Cybèle funéraire. Quoi qu'il en soit, cette Vierge à l'Enfant, dont la tradition populaire ne désigne pas l'origine, semble vouloir faire le lien entre des croyances antérieures, naturalistes, et le christianisme, tandis que la Vierge des Ardilliers (une pietà) présentera une Vierge de douleur, impliquée dans le sacrifice salvateur de Jésus, purement chrétienne. L'Enfant tient une pomme de pin, symbole d'éternité, de force vitale et de fécondité, dans la main gauche, et bénit avec deux doigts levés de la main droite. On dit que, lorsque cette statue se trouvait encore dans la chapelle sud du transept, on pouvait la voir baignée de lumière le jour du 15 août. Marie est bien sûr très présente à Nantilly, notamment sur les vitraux du choeur . L'importance prise par la Confrérie de la Mioust, ou de l'Assomption, qui en 1402 était déjà considérée comme anciennement fondée, vient d'ailleurs confirmer cet attachement de Nantilly à la Vierge magnifiée à travers son Assomption au ciel.
Le sol du bâtiment s'élève vers l'est, vers le choeur, qui est particulièrement bien éclairé pour un édifice roman, tandis que vers l'ouest, dans l'alignement de la nef, se trouvaient le Thouet dont le dernier affluent est la Dive, la « divine », une zone de marécages et divers monuments mégalithiques. En même temps son ancienneté et l'ignorance de ses origines en font un lieu porteur de légendes : là se serait dressé un dolmen, et la nef - c'est J. Grandet qui l'écrit, un peu légèrement - « servait autrefois de temple aux druides », tandis que la chapelle souterraine aurait abrité les réunions clandestines des premiers chrétiens.
Faut-il voir en ce lieu une continuité entre le culte possible d'une déesse-mère terrienne et nourricière, celui de la Vierge à l'Enfant, et une curieuse épitaphe, inattendue dans un sanctuaire, que le bon roi René y consacra à une certaine Tiphaine « la Magine », dont on pouvait voir jusqu'en 1789 le gisant avec deux enfants ?
Ci gist la nourrice thiephaine
La magine qui ot grant paine
A nourrir de let en enfance
Marie danjou, royne de france
Et après son frère rené
Duc danjou, et de puis nommé
Comme encor est roy de sicile
Qui a voulu en ceste ville
Pour grant amour de nourriture
Faire faire la sépulture
De la nourrice dessusdicte
Qui a dieu rendit lame quitte
Pour avoir grace et tout deduit
Mil-CCCC-cinquante et huit
Du mois de mai XIIIe jour
Je vous pry tous par bonne amour
Affin qu'elle ait ung pou du vostre,
Donnez-luy une pate nostre.
On a dit, et c'est bien possible, qu'il s'agirait tout simplement d'une femme nommée « Tiphaine Maugin », encore que ces deux noms apparaissent séparés dans une versification autrement plus régulière. Raymond Delavigne (Bulletin de la Société de Mythologie Française n° 125) décèle pour sa part dans ce nom une « aura féerique », tant dans le prénom « Tiphaine » (celui, entre autres, de la belle épouse plus ou moins magicienne de Duguesclin) que dans sa désignation de « magine », possible féminin de « mage ».
On peut encore souligner l'ancienne dévotion à saint Langouré, que l'on invoquait pour les enfants chétifs et qu'une peinture représentait à Nantilly en froc noir, touchant avec l'étole la tête d'un enfant agenouillé.
De nombreux pèlerins venaient autrefois à Nantilly implorer la Vierge miraculeuse pour obtenir entre autres des guérisons, jusqu'à ce que Notre-Dame des Ardilliers la supplante dans les dévotions des fidèles.
Ancienne gravure représentant Notre-Dame de Nantilly (Archives de la ville de Saumur)